ปัญหาสำคัญในการบริหารราชการส่วนภูมิภาค ก็คือปัญหาเกี่ยวกับประสิทธิภาพและเอกภาพในการบริหาร ผู้ว่าราชการจังหวัดยังไม่สามารถทำหน้าที่เป็นศูนย์รวมอำนาจของการบริหารราชการได้อย่างแท้จริง การบริหารงานยังขาดการประสานงาน ทั้งนี้เป็นด้วยผู้ว่าราชการจังหวัดยังไม่มีอำนาจในการควบคุมบังคับบัญชาหน่วยราชการต่าง ๆ ในจังหวัดได้อย่างเต็มที่ ก็มีผลทำให้ไม่สามารถประสานนโยบายและคำสั่งจากส่วนกลางกับการปฏิบัติงานของหน่วยราชการในจังหวัดอย่างมีประสิทธิภาพ ให้เป็นไปตามแผนและโครงการต่าง ๆ ได้อย่างสอดคล้องต้องกัน ลักษณะดังกล่าวนี้เป็นปัญหาสำคัญของการบริหารราชการส่วนภูมิภาคในปัจจุบัน